לעתים מנוכים משכר העובדים במהלך השנה ניכויי מס הכנסה בסכומים הגבוהים יותר מאלו שעליהם לשלם על-פי החוק. הסיבה לכך היא שבעת חישוב המס במהלך השנה, לא מובאים בחשבון נתונים שונים שמשפיעים על חישוב המס.

גובה מס הכנסה שעל עובדים לשלם מחושב על בסיס שנתי (כלומר: על פי סך הכנסותיהם בשנת המס). בפועל מנוכה משכרם מס הכנסה מדי חודש באמצעות תלוש השכר. מה שנקרא "ניכוי במקור", ומבוסס על חישוב משוער של ההכנסה השנתית

אם על-פי החישוב הסופי בסוף שנת המס מסתבר שסכום המס ששילמו העובדים גבוה ממה שהיה עליהם לשלם, הם זכאים לקבל החזר מס.